En 1771, Carlos III fundó otro Real Gabinete de Historia Natural a partir de las colecciones de antigüedades, de curiosidades, de minerales y de zoología que Pedro Franco Dávila había reunido en París. Por su inventario de 1762 se sabe que en él había objetos indígenas americanos. Las colecciones de este segundo Gabinete, en el que se incluyeron las piezas del anterior Gabinete fundado por Ulloa, han llegado hasta nuestros días.

El Real Gabinete de Historia Natural, que tenía materiales de todo tipo, se amplió con diversas colecciones reales de objetos arqueológicos y etnográficos americanos que expedicionarios y funcionarios habían ido remitiendo como respuesta a las reales órdenes de acopio. En estas órdenes, redactadas unas por Antonio de Ulloa y por Pedro Franco Dávila otras, se especificaba minuciosamente como debían recogerse cada tipo de objeto, incluidos los arqueológicos; por lo que, durante el último tercio del siglo XVIII el Gabinete amplió muy notablemente sus fondos.

En 1867 se fundó el Museo Arqueológico Nacional al que pasaron todas las colecciones históricas del Real Museo de Ciencias Naturales  -es decir, las antigüedades y curiosidades, y no la fauna o minerales- y las de la Biblioteca Nacional -la antigua real Librería de Felipe V, que tenía algunos objetos americanos. Las colecciones americanas estuvieron, y todavía hoy se guardan en el Museo de América, junto a las de Oceanía y Filipinas, que también habían sido recogidas por naturalistas y en el transcurso de expediciones científicas del XVIII y otras posteriores. Estos materiales y los objetos de otros continentes conformaron la Sección de Etnografía del nuevo MAN.

En este periodo se realizaron importantes adquisiciones entre las que destacan las dos partes del códice maya Tro-cortesiano y la colección de ciento veinte piezas de oro que constituyen el Tesoro de los Quimbayas, donado por el gobierno colombiano, y que figuró en la Exposición Histórico-Americana en 1892.

En la exposición permanente del Museo Arqueológico Nacional, inaugurada en 1895 en el nuevo y actual edificio, los materiales americanos se estructuraron siguiendo un orden cronológico elemental: colecciones precolombinas y postcolombinas.

En 1935 se inauguró en el edificio del Museo Arqueológico Nacional una exposición de la colección de objetos incas que había reunido Juan Larrea en su reciente estancia en Cuzco; colección que acababa también de exponer con éxito en el actual Museo del Hombre de París. Esta exposición de objetos peruanos sirvió de catalizador para que, en el Congreso Internacional de Americanistas celebrado entonces en Sevilla, se acordase apoyar la creación de un museo americano. En 1937, ya en plena guerra civil, el gobierno de la República creó el Museo-Biblioteca de Indias para recoger y centralizar todas las colecciones de objetos, de láminas botánicas, de mapas y planos, de documentos y de libros, no sólo americanos, sino de todas las antiguas colonias, entonces conocidas como Indias. Para apoyar este proyecto Juan Larrea donó su colección.

El contexto de guerra impidió que el proyecto se realizase, pero tras el fin de la contienda, en 1941, el Gobierno franquista creó el Museo de América. El decreto de fundación exponía que su área de acción era exclusivamente América y su fin poner de manifiesto la gesta del descubrimiento y estudiar las culturas indígenas, el arte colonial y la obra misional, de los cronistas y los jurisconsultos. Respondiendo a una de las directrices fundacionales del museo, en los años 1940 y 1950 aumentaron notablemente las colecciones de arte colonial que adquirieron por primera vez una entidad propia.

Mientras que se construía el edificio del nuevo museo en la Ciudad Universitaria el Museo de América inauguró sus salas, en 1944, dentro del Museo Arqueológico Nacional. En 1962 se inició el traslado de las colecciones al actual edificio, que fue inaugurado en 1965 con motivo de otro Congreso Internacional de Americanistas.

En 1943 se encargó el proyecto de la actual sede del Museo a los arquitectos Luis Moya y Luis Martínez Feduchi. El nuevo edificio, siguiendo la ideología del decreto fundacional, pretendía sugerir la idea de la labor misionera y civilizadora de España en América. Por esta razón se concibió en un estilo historicista y neocolonial con un arco en la fachada, una torre que sugiere las de las iglesias barrocas americanas y una disposición conventual. Dicha disposición se observa tanto en las salas de exposición, que giran en torno a un claustro central ajardinado, como en el edificio anejo de servicios, que se estructura alrededor de un patio hoy convertido en sala de lectura.

En 1980 el Museo de América cerró sus puertas para emprender obras de renovación que rescataron para Museo todo el edificio que había sido parcialmente ocupado por otras instituciones, como el Museo de Reproducciones Artísticas o el Instituto de Restauración de Obras de Arte. El museo volvió a abrir en 1994 con una exposición que se pretendió fuese novedosa y atractiva.

Aunque era de esperar que al mostrar las colecciones se siguiese un orden cronológico dentro de grandes zonas geográfico-culturales, se optó en cambio por estructurar la exposición en cinco grandes áreas temáticas, de manera que cada una pudiese ser visitada de manera independiente pudiendo al espectador escoger su propio orden:

• El conocimiento de América: que trata de los mitos sobre el continente, los cronistas, las expediciones, los gabinetes y la cartografía.
• Geografía y paisaje: acerca del continente.
• Sociedad: con una introducción sobre el ciclo vital y dos apartados, las sociedades igualitarias y las sociedades complejas.
• Las formas religiosas: explicando los diferentes ritos, objetos sagrados, mitos.
• La comunicación: escrituras, calendarios, lenguajes.

plano Museo América

Las colecciones del Museo de América se empezaron a reunir en la segunda mitad del siglo XVIII. En 1752 el marino Antonio de Ulloa, fundó un Real Gabinete de Historia Natural. Sus colecciones pasaron luego al Gabinete que Carlos III creó en 1771 a partir de las colecciones de Pedro Franco Dávila. Ulloa y Franco Dávila redactaron instrucciones de cómo coleccionar científicamente objetos que enriqueciesen el Real Gabinete, y los gobernadores en América y los miembros de las expediciones científicas y de descubrimiento remitieron colecciones. Así ingresaron los objetos procedentes de las primeras excavaciones realizadas en América en la zona de Trujillo en el Perú, en 1764; y los que luego excavó y documentó entre 1785 y 1787 el obispo de Trujillo Baltasar Jaime Martínez Compañón. Aunque la más conocida colección arqueológica es la procedente de las excavaciones efectuadas en las ruinas mayas de Palenque en 1787. Diversas expediciones a la entonces inexplorada costa noroeste americana al norte de California supusieron los primeros contactos con indígenas de la zona y conformaron una de las mejores y más antiguas colecciones hoy existentes. Hay objetos de otras expediciones científicas como la de Ruiz y Pavón al Virreinato del Perú o los dibujos de la expedición de Alejandro Malaspina, que estudió América, Oceanía y parte de Asia.